این مسجد در طی سال های 1602 تا 1619 در دوره شاه عباس اول ساخته شده و به پدر همسر حاکم وقت، به نام شیخ لطف الله، عالمی اسلامی و مورد احترام اهل لبنان که برای نظارت بر مسجد شاه و مدرسه علوم دینی به اصفهان دعوت شده بود، اختصاص یافته است. گنبد آن از تعداد زیاد کاشی های کرم رنگ که در طول روز از کرمی به صورتی تغییر رنگ می دهند تشکیل شده(غروب آفتاب بهترین زمان برای مشاهده آن است) و کاشی های آبی و ارغوانی مختص اصفهان تنها در اطراف نوک گنبد قابل مشاهده است.

عدم وجود مناره و صحن در این مسجد آن را متمایز کرده و پله ها به ورودی منتهی می شوند. دلیل این امر در نظر نگرفتن مسجد برای استفاده عموم و تنها استفاده از آن برای زنان حرمسرا شاه بوده است. عبادت گاه توسط راهرو ایی مارپیچ قابل دسترسی است که در آن چشمان به تاریکی ناشی از انتقال نور کم از کاشی کاری های آبی رنگ عادت خواهد کرد. این راهرو از طراحی و عملکرد مسجد جدایی ناپذیر است، چرا که عبادت کنندگان را از میدان بزرگ بیرونی به عبادت گاهی رو به مکه منتقل می کند، که بر روی محور کاملا متفاوتی قرار گرفته است.